Cesarz Maksymilian I ufundował, dla upamiętnienia samego siebie, witraże do okien prezbiterium. Budowa dobiegła końca w 1513. W tym też roku w grudniu biskup Konstancji poświęcił prezbiterium.
Po oficjalnym zakończeniu budowy dobudowywano jeszcze okazjonalnie rozmaite przybudówki; w XVI w. do południowej fasady romańskiego transeptu dostawiono renesansowy przedsionek. W elewacjach na uwagę zasługuje zwłaszcza rząd dziwacznych w formie rzygaczy.
Podczas gdy budowla w jednym z łacińskich dokumentów z 27 maja 1298 została wymieniona jeszcze jako kościół parafialny („ecclesia parochialis”), to 24 grudnia 1356 pojawiło się po raz pierwszy w stosunku do niej określenie „Münster”. Widnieje ono w jednym z dokumentów hrabiny Klary von Tübingen, córki zmarłego 9 listopada 1356 hrabiego Friedricha von Freiburg: zuo Friburg in dem münster. W ten sposób zaczęto stosować ten pochodzący od wielkich kościołów termin na określenie nowo rozbudowanej, gotyckiej świątyni we Fryburgu.
Dlaczego „münster” a nie „katedra”?