Z powodu wybuchu wojny krymskiej, razem z innymi członkami rosyjskiej misji był zmuszony wrócić do kraju. Mnich Teofan otrzymał w 1855 godność archimandryty i wrócił do pracy naukowej i dydaktycznej w Petersburgu, po czym został na krótko rektorem seminarium duchownego w Ołońcu. W 1856 wyjechał do Stambułu jako kapłan służący w cerkwi przy ambasadzie rosyjskiej. Wrócił do Rosji po roku, by zostać rektorem Petersburskiej Akademii Duchownej.
Biskup i asceta W 1859 miała miejsce jego chirotonia na biskupa tambowskiego i szackiego. Jako biskup Teofan (Goworow) zaangażował się w organizację nowych szkół parafialnych, w tym szkoły dla dziewcząt. Troszczył się również o poziom wykształcenia białego duchowieństwa. W 1863 został przeniesiony na katedrę włodzimierską, jednak po trzech latach na własną prośbę odszedł w stan spoczynku, zniechęcony uzależnieniem Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego od władz państwowych. Zamieszkał w Pustelni Zaśnięcia Matki Bożej w Wyszy w eparchii tambowskiej, gdzie zajmował się wyłącznie modlitwą i pracą teologiczną. W 1872, po uroczystościach Paschy, zmienił tryb życia na jeszcze bardziej ascetyczny, rozpoczynając życie w zamknięciu i całkowitym odosobnieniu. Skoncentrował się całkowicie na tłumaczeniu tekstów Ojców Kościoła i opracowywaniu komentarzy do tekstu Pisma Świętego.