Granice getta wielokrotnie ulegały zmianom. Na mocy zarządzenia komisarza Heinza Auerswalda z 23 października 1941 roku ukształtował się podział dzielnicy zamkniętej na dwie części: „małe getto” – obejmujące obszar zamknięty ulicami: Żelazną, Sienną, Wielką, Bagno, pl. Grzybowskim, Rynkową, Krochmalną, Waliców, Chłodną, oraz „duże getto” – obejmujące obszar zamknięty ulicami: Okopową, Wolność, Nowolipie, Żelazną, Chłodną, pl. Bankowym, Rymarską, Leszno, Przejazd, Nowolipki, Świętojerską, Bonifraterską, Żoliborską, Stawki, Dziką. Obie części getta rozdzielała ul. Chłodna, będąca swoistą ulicą tranzytową. Grodzenie nowych granic i przesiedlenia ludności nie nastąpiły jednak od razu, stąd realizacja zarządzenia trwała do 21 grudnia 1941 roku. W międzyczasie niespodziewanie zapadła decyzja o wyłączeniu z getta nieparzystej strony ul. Dzikiej, natomiast do marca 1942 roku pozostawiono w jego obrębie Wielką Synagogę i Bibliotekę Judaistyczną przy ul. Tłomackie. W kolejnych miesiącach z getta wyłączono część domów w rejonie ulic Pawiej i Dzielnej, sąsiadujących z gmachem Monopolu Tytoniowego. Na miesiąc przed wielką akcją deportacyjną Auerswald zarządził ponadto wyłączenie z getta czworoboku ulic: Żoliborska – Bonifraterska – Muranowska – Pokorna.