Personel sanitarny starał się w miarę możliwości chronić ludzi przed wywózkami na roboty do Rzeszy lub do obozów koncentracyjnych (Kowalski miał prawo ewakuować swoich chorych z pominięciem selekcji w Pruszkowie). Dotyczyło to jednak jedynie osób, które trafiły do kościoła. Do więźniów specjalnych, przetrzymywanych na plebanii, personel sanitarny nie miał dostępu.
10 września kościół odwiedziła delegacja Międzynarodowego Czerwonego Krzyża, badająca w jakich warunkach odbywa się „ewakuacja” ludności cywilnej z Warszawy. Efektem wizyty było podniesienie prestiżu polskiego personelu sanitarnego w oczach Niemców i zwiększenie możliwości jego działania.
Selekcje i egzekucje thumb|Pamiątkowa tablica na ścianie kościoła W pierwszych dniach powstania okolice kościoła św. Wojciecha stały się areną licznych egzekucji. Ich ofiarą padali przede wszystkim mężczyźni z Woli, których separowano od reszty uchodźców i rozstrzeliwano na placyku przed kościołem lub na przykościelnym cmentarzu. Za próbę udzielenia pomocy wypędzonym zatrzymano trzech księży pełniących posługę w kościele św. Wojciecha (Stanisława Kuleszę, Stanisława Mączkę, Romana Ciesiałkiewicza) oraz organistę Tadeusza Kozaka. Zabrano ich do domu przy ul. Sokołowskiej 5, skąd księża zostali później wywiezieni przez Niemców w nieznanym kierunku i ślad po nich zaginął.