W czasie powstania warszawskiego w okolicach kościoła św. Wojciecha Niemcy zamordowali łącznie ponad 400 osób. Wśród ofiar znajdowali się m.in.: ks. Tadeusz Jachimowski, naczelny kapelan Armii Krajowej zabity w okolicach 6–8 sierpnia 1944 oraz sześć sanitariuszek i łączniczek AK wziętych do niewoli na Powiślu Czerniakowskim i rozstrzelanych 24 września 1944Grażyna Zasacka, Irena Kowalska-Wuttke, Barbara Plebańska i Krystyna Niżyńska z Batalionu „Zośka” oraz NN. „Hanka” i „Marysia” z Batalionu „Parasol”.. Zachowały się również relacje o rozstrzelaniu na dziedzińcu kościoła całego oddziału AK, którego członków wzięto do niewoli na CzerniakowieCałkowicie inną wersję tego wydarzenia podawał dr Kowalski. Z jego zeznań wynika, że po dwóch dniach przetrzymywania na terenie kościoła (bez żywności i pomocy medycznej) Niemcy zdecydowali się potraktować żołnierzy AK jak zwykłych jeńców wojennych i odesłali ich do obozów jenieckich.. Zbrodnia ta miała mieć miejsce 20 września.