Wcześniej – w sezonie 1952, Kolejarz został mistrzem okręgu zielonogórskiego, co skutkowało uzyskaniem prawa do gry o wejście do II ligi.

W następnych latach gorzowianie grali w lidze międzywojewódzkiej (odpowiednik III ligi), a w sezonie 1957 – już pod szyldem KKS Warta, ponownie zostali mistrzami województwa. W walce o II ligę ulegli wówczas Pogoni Szczecin.

Przez kilkanaście następnych sezonów zespół Warty grał na szczeblu międzywojewódzkim, po czym spadł do klasy A. W sezonie 1989/1990 piłkarze Warty zdobyli mistrzostwo okręgu gorzowskiego, a w wyniku reformy systemu rozgrywek zostali włączeni do III ligi. W późniejszych latach wskutek problemów finansowych zlikwidowano najpierw zespół seniorów, a następnie wycofano z rozgrywek drużynę juniorów. Od sezonu 2001/2002 nie było w klubie żadnej drużyny piłki nożnej.

W 2008 roku reaktywowano sekcję piłkarską zgłaszając drużynę seniorów do gorzowskiej klasy B (ósmy poziom rozgrywkowy).