Niesłabnąca przez dziesięciolecia popularność artysty sprawiła, że pod koniec życia tworzył w sposób masowy, niemal rzemieślniczy. W swojej pracowni zatrudniał młodych malarzy wykonujących kopie najsłynniejszych jego prac, które następnie sam wykańczał i sygnował własnym nazwiskiem. Jak twierdzi niemiecki historyk sztuki Hans-Peter Bühler, artysta przypuszczalnie podpisywał niektóre obrazy pseudonimem „Jan Konarski”.
Życie prywatne W 1878 ożenił się z Jadwigą Szymanowską, z którą miał pięcioro dzieci. Jeden z jego synów – Czesław, był malarzem, podobnie jak jego córka Joanna Wierusz-Kowalska – wnuczka Alfreda. Do jego dalszej rodziny należy także Karol Wierusz-Kowalski, który był jego bratankiem.
Malarz zmarł 16 lutego 1915 w Monachium. Pierwotnie został pochowany na tamtejszym cmentarzu Leśnym, lecz w 1936 jego prochy sprowadzono do kraju i złożono w alei zasłużonych na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (grób 19); autorką nagrobka jest Barbara Zbrożyna.