Jego praca akademicka napotykała problemy z powodu braku porozumienia z kolegami, dlatego poświęcił się twórczości teologicznej. Jego praca Lehre vom heiligen Geiste nie odcinała się od poglądów wyrażonych w wykładzie, ale wyrażała protest przeciwko liberalizmowi tamtych czasów.
Podczas rewolucji 1848 roku Kahnis wspierał króla i stary ład. W jej wyniku doszedł do wniosku, że tylko ścisła ortodoksja może ocalić wiarę, i stopniowo zaczął sprzeciwiać się unii kościelnej luteranów z ewangelikami reformowanymi, opowiadając się za wiernością wyznaniom luterańskim. Ponieważ uważał, że nie zajmują one odpowiedniego miejsce w Kościele unijnym, w listopadzie 1848 roku dołączył do staroluteranów. Czyn ten jeszcze bardziej utrudnił jego pracę akademicką. W 1850 objął posadę na Uniwersytecie w Lipsku, gdzie zastąpił Adolfa Harlessa na katedrze teologii dogmatycznej, później wykładał również historię Kościoła. Jego praca uniwersytecka była owocna, ale nie odpowiadały mu tendencje panujące na uczelni;