W 1846 roku Koch przeszedł na emeryturę, by całkowicie poświęcić się pracy naukowej. Wskutek choroby oczu oślepł i musiał przeprowadzić się do brata do Erlangen. Po śmierci brata przeniósł się do Bamberga, gdzie przy pomocy ukończył przygotowanie do druku swoich prac o wijach i mszycach. Ostatnie lata życia spędził w Norymberdze u syna – Ludwiga Carla Christiana Kocha (1825–1908), który również zajmował się arachnologią. Zmarł w Norymberdze 23 sierpnia 1857 roku.
Publikacje Lista publikacji podana za Pongratzem (1963): System der baierischen Zoologie, I. Bd. „Die Säugetiere und Vögel Bayerns“, Nürnberg, 1816 Die Amphibien [w:] Sturm „Deutschlands Fauna“, III. Abteilung, 5. und 6. Heft, Nürnberg, 1828 Deutschlands Arachniden, Myriapoden und Crustaceen in Panzers Insektenfauna, 40 Hefte mit 960 Bild tafeln, Nürnberg, 1835 Übersicht des Arachnidensystems. Zeh, Nürnberg 1837–50. Deutschlands Crustaceen, Myriapoden und Arachniden Pustet, Regensburg 1835–44. Die Wirbeltiere [w:] Fürnrohr „Naturhistorische Topographie von Regensburg“, 1840, s. 1–43 Die Crustaceen, Myriapoden und Arachniden [w:] Fürnrohr „Naturhistorische Topographie von Regensburg“, 1840, s.