Te nieprzyjazne warunki uległy zmianie w 1852 roku, kiedy to przewodniczącym konsystorza został Adolf Harless, który w sposób pokojowy doprowadził do zakończenia unii luteranów i reformowanych. W 1845 roku Löhe opublikował swe główne dzieło, Drei Bücher von der Kirche. Prezentował tam najściślejszą luterańską ortodoksję. Brak czystości doktryny był dla niego złem na miarę niemoralności, uważał naukę luterańską za pełną i doskonałą, nie widział konieczności jej dalszego rozwoju. Był podejrzewany o związki z katolicyzmem przez swoje podejście do widzialności Kościoła, koncepcji ustroju kościelnego, wagi uczynków, samodoskonalenia i bezżenności. Był jednak zawsze wierny protestanckiej nauce u usprawiedliwieniu.
Löhe był jednak nie tylko ortodoksyjnym teologiem, ale i aktywnym działaczem kościelnym. Od 1840 roku uczył duchowych przywódców chrześcijan udających się na emigrację do Stanów Zjednoczonych. Współzakładał Synod Missouri, a w Neuendettelsau istniały dwa budynki, w których kształcono misjonarzy udających się do Ameryki Północnej i Australii.