Tereny okresowo zalewane oraz wały przeciwpowodziowe zajmują łąki i pastwiska, zaś urodzajne tereny na terasach nadzalewowych – pola uprawne.
Siedliska Wśród siedlisk na obszarze doliny, największy udział posiadają tereny rolnicze – 46% oraz wody śródlądowe (rzeki i akweny – 37%), zaś mniejszy: lasy iglaste (9%) i lasy liściaste (8%).
Siedliska chronione zajmują ok. 20% całego obszaru, a wśród nich największą powierzchnię posiadają niżowe świeże łąki użytkowane ekstensywnie (8,9%), łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe (7,4%) oraz starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne (1,9%).
Formy ochrony przyrody Niewielka część Dybowskiej Doliny Wisły znajduje się na terenie Obszaru Chronionego Krajobrazu Wydmowy na południe od Torunia. Projektuje się utworzenie rezerwatu przyrody Zbocza Dybowskie.
W sieci European Ecological Network, Dolina Dolnej Wisły stanowi korytarz ekologiczny o znaczeniu międzynarodowym.
Wartość przyrodnicza Obszar Dybowska Dolina Wisły chroni 11 typów chronionych siedlisk nadrzecznych oraz związanych z nimi gatunków roślin i zwierząt.