Edykt z Fontainebleau, delegalizujący kult protestancki we Francji, skłonił Bayle’a do poruszenia tematyki politycznej. Aresztowany w Bordeaux, opublikował krytyczne pisma Czym jest arcykatolicka Francja za panowania Ludwika Wielkiego oraz Komentarz filozoficzny słów Jezusa Chrystusa „Przymuś ich, aby weszli”. W tym ostatnim tekście przedstawił koncepcję pełnej tolerancji wyznaniowej, co sprawiło, że przeciwko autorowi wystąpili również protestanci (chociaż intencją filozofa było wystąpienie w ich obronie). Bayle poróżnił się m.in. ze swoim wieloletnim przyjacielem Pierre’em Jurieu, pastorem i publicystą protestanckim. Ich konflikt pogłębił się jeszcze po opublikowaniu przez Bayle’a Ważnej przestrogi dla uchodźców, w której argumentował on, że wbrew zachętom rządu angielskiego protestanci nie powinni wzniecać we Francji zbrojnego powstania. Wskutek sporu z Jurieu i negatywnej opinii rotterdamskiej gminy ewangelicko-reformowanej Bayle stracił dotychczasową pracę.
Po zaprzestaniu działalności edukacyjnej filozof skupił się całkowicie na redagowaniu Słownika historycznego i krytycznego, opublikowanego w 1695 oraz stanowiących jego kontynuację Odpowiedzi na pytania pewnego mieszkańca prowincji (1703) oraz Dalszego ciągu myśli różnych (1705). Pod koniec życia Bayle coraz poważniej zapadał na zdrowiu.