Osobnym rozdziałem jej działalności był okres kampanii wrześniowej 1939 roku i okupacji niemieckiej w latach 1939–1945 – początkowo jeszcze w strukturach Polskiego Radia, a następnie radia podziemnego. Znalazła się w grupie tych pracowników Polskiego Radia, którzy w obliczu natarcia niemieckiego nie zastosowali się do zarządzenia dyrekcji o ewakuacji z Warszawy, lecz w zmienionych, niezwykle trudnych i niebezpiecznych warunkach kontynuowali pracę na obszarze miasta. Działalność ta polegała na emisji radiowego programu II z terenu Fortu Mokotowskiego. Kierował nią dyrektor muzyczny Polskiego Radia Edmund Rudnicki. Maria Ponikowska (obok Marii Żebrowskiej i Stanisława Poraj-Koźmińskiego) znalazła się w tym okresie w gronie jego najbliższych współpracowników. Po kapitulacji miasta (stosownie do postanowień aktu kapitulacyjnego) znalazła się w zespole likwidacyjnym przekazującym władzom niemieckim rozgłośnię i inne jednostki Polskiego Radia.