Towarzystwo początkowo postawiło sobie za cel swojej działalności: rozwijanie wiedzy religioznawczej, prowadzenie i organizowanie badań w zakresie religioznawstwa, rozwijanie działalności wydawniczej, współdziałanie w przygotowaniu wykwalifikowanej kadry naukowo-dydaktycznej oraz współpraca z instytucjami naukowymi podejmującymi w swoich badaniach problematykę religioznawczą.
W latach 1958–1965 Towarzystwo prowadziło działalność naukową poprzez swój Ośrodek Badań Naukowych, w którego skład wchodziły pracownie: Historii Filozofii i Krytyki Religii, Historii Kościoła, Historii Doktryn Chrześcijańskich, Religioznawstwa Ogólnego oraz Punkt Dokumentacji i Bibliografii Religioznawczej, a także funkcjonujący w latach 1958–60 w Lublinie Punkt Informacyjno-Dokumentacyjny Religioznawstwa Porównawczego.