Po upadku tyranii Pizystratydów Klejstenes musiał walczyć z grupą arystokratów skupionych wokół Isagorasa będącego w 508/507 p.n.e. archontem. Sam Klejstenes nie sprawował wówczas żadnego urzędu. Isagoras i jego zwolennicy doprowadzili do ponownego wygnania z Aten Klejstenesa i siedmiuset rodzin w czym pomogli im Spartanie. Wygnanie trwało zaledwie kilka dni, gdyż lud ateński sprzeciwił się obaleniu porządku wprowadzonego przez Klejstenesa i wystąpił przeciw rządom grupy arystokracji oraz wypędził spartański garnizon z ateńskiego zamku. Po powrocie do Aten Alkmeonidzi rozprawili się krwawo ze swoimi przeciwnikami.
Reformy Klejstenesa Klejstenes podzielił Attykę na 10 fyl (wcześniej były to 4 fyle, z których każda odpowiadała danemu rodowi), każdą fylę podzielił na trzy trytię i każdą trytię na demy z tym, że każda trytia (mająca różne ilości demów) musiała się składać z trzech regionów geograficznych miasta-państwa (polis) - wybrzeża (paralia), miasta (asty - czyli same Ateny, Pireus i najbliższe okolice) i terytorium interioru (mesogeia - czyli tereny rolnicze w głębi kraju). Na obradach różnych organów zbierano się fylami, co wymieszało obywateli i przełamało układy plemienno-rodowe.