Cibora brunatna (Cyperus fuscus L.) i ponikło jajowate (Eleocharis ovata), ze względu na rzadkość występowania, zostały umieszczone w „Czerwonej księdze roślin województwa opolskiego”. Zbiornik Otmuchowski stanowi ostoję gatunków charakterystycznych dla wielkoobszarowych wód, szuwarów, namułów, a nawet estuariów słodkowodnych, jakimi są strefy cofkowe zbiorników i ujściowe rzek do nich wpadających. Jego brzegi prawie na całej długości pozbawione najczęściej roślinności drzewiastej i krzewiastej. Jedynie w zachodniej części zbiornika, w okolicach Starego Paczkowa, znajdują się niewielkie kompleksy lasów liściastych, nadrzecznych wiklin i łozowisk, które planuje się objąć ochroną w postaci rezerwatu przyrody „Otmuchowskie Błota”.
Jest to bardzo rzadko występujący fragment krajobrazu tzw. deltowego, typowego w tym regionie jedynie dla stref cofek dużych zbiorników wodnych. Charakteryzuje się on wysoką dynamiką zmian hydrologicznych spowodowanych licznymi okresowymi zalewami, przy wysokich stanach piętrzenia wód. Na obrzeżach zbiornika, w miejscach mulistych i okresowo zalewanych, rozwinęła się roślinność szuwarowa i błotna, wśród której spotkać można dosyć rzadkiego na Śląsku Opolskim sitowca nadmorskiego należącego do nieczęsto spotykanej w głębi lądu grupy halofitów, czyli roślin siedlisk silnie zasolonych.