Rządy w Sudanie Mahdi nie osiedlił się w zdobytym Chartumie, lecz przeniósł się do swojej rezydencji położonej po drugiej stronie Nilu, w wiosce Omdurman. Z niej to kierował życiem religijnym stworzonego przez siebie państwa, starając się urzeczywistnić głoszone przez siebie idee oczyszczenia islamu. Sprawy związane z administrowaniem państwem powierzył mianowanym przez siebie czterem kalifom. Rządy te nie zawsze były efektywne, jeśli chodzi o gospodarkę kraju, gdyż Sudan często nawiedzały w tym okresie klęski głodu.
W 1885 Mahdi zachorował na tyfus i zmarł 22 czerwca. Władzę po nim objął jego zaufany towarzysz Abdullahi, który wzniósł zmarłemu okazały grobowiec w Omdurmanie.
Po śmierci Mahdiego 2 września 1898 połączone armie egipsko-brytyjskie, dowodzone przez lorda Kitchenera, rozgromiły mahdystów dowodzonych przez Abdullahiego w bitwie pod Omdurmanem. Sudan został podporządkowany Egipcjanom i Brytyjczykom. Grobowiec Mahdiego zburzono, a ciało Mahdiego zostało przez zwycięzców wyciągnięte z grobu i zbezczeszczone.
Jednak ruch religijny stworzony przez Mahdiego pozostał nadal znaczącą siłą polityczną w Sudanie. Po śmierci Abdullahiego na jego czele stanął syn Mahdiego, . Od tego czasu ruchem kierowali kolejni członkowie rodziny Mahdiego.