We wrześniu 1945 roku został zdemobilizowany w stopniu majora WP. Objął parafię w Środzie Śląskiej (1945-49), potem w Gryfowie Śląskim (1949-1958). Odbudował tamtejsze świątynie zniszczone w trakcie wojny. Założył stowarzyszenie Apostolstwo modlitwy, którego działalność zostało później zakazana przez władze komunistyczne. Był nauczycielem religii katolickiej w szkołach podstawowych i średnich w Środzie Śląskiej, ale wkrótce został odsunięty decyzją władz od zajęć dydaktycznych. Ks. Kij nie ukrywał swojej niechęci wobec komunistów. Z tego powodu był wiele razy prześladowany przez służby bezpieczeństwa, przesłuchiwany i dręczony (przez UB we Wrocławiu). Kilkakrotnie był aresztowany i zabierany na rozmowy dyscyplinujące.
Następnie był długoletnim duszpasterzem w Parafii Bożego Ciała w Międzylesiu (1958-1980). Zdobył sympatię miejscowego społeczeństwa. Przykładał dużą wagę do edukacji młodzieży. Prowadził na terenie plebanii lekcje religii dla młodzieży szkolnej, przygotowując ją do Komunii Świętej. Wygłaszał homilie wskazujące wiernym właściwe wzorce postępowania. Był niekwestionowanym autorytetem i liderem miejscowej opozycji antykomunistycznej. W roku 1968 odważnie potępił interwencję wojsk Układu Warszawskiego w Czechosłowacji. W roku 1980 odszedł na emeryturę z powodu złego stanu zdrowia (chorował m.in.