Do tej konwencji, po latach niepodejmowania tematu, Santiago powrócił na początku XXI wieku, wydając na rynek video nakręcone w rodzimych Filipinach filmy akcji When Eagles Strike i Operation Balikatan (2003) z byłym kulturystą Christianem Boevingiem w rolach komandosów-macho.
Często współpracował z producentem Rogerem Cormanem, okazjonalnie z filmowcami hollywoodzkimi − Jonathanem Demme, Joe Dante czy Carlem Franklinem. W 1995 został prezesem Philippines Film Development Fund, stanowisko to zostało mu przydzielone przez ówczesnego prezydenta Fidela V. Ramosa.
Do momentu własnej śmierci wyprodukował siedemdziesiąt dziewięć filmów, zajął się reżyserią siedemdziesięciu trzech, a także napisał scenariusze do dwunastu projektów.
Nagrody i wyróżnienia W latach 1959–1975 był sześciokrotnie nominowany do nagrody filipińskiego przemysłu filmowego FAMAS Award. Jedna z nominacji, za reżyserię filmu Igorota (1968), przyniosła mu wygraną. Pośmiertnie, w 2008, podczas ceremonii FAP Awards twórca został uhonorowany laurem Manuel de Leon Award.