W 1648 roku wojna z Hiszpanią zakończyła się pokojem w Munsterze (część pokoju westfalskiego) i powstała niepodległa republika pod panowaniem Wilhelma I Orańskiego. Amsterdam pozostawał poza centrum życia politycznego, jednak miał duży wpływ na rządy dzięki swojemu bogactwu. W latach 1613–1662 wykopano system kanałów według koncentrycznego układu Grachtengordel, w wyniku czego powierzchnia miasta powiększyła się czterokrotnie. W nowych dzielnicach powstały nowe kościoły protestanckie – Zuiderkerk, Noorderkerk i Westerkerk. W XVII wieku liczba mieszkańców miasta wzrosła do 210 000. Nie obyło się bez gorszych momentów – w 1664 roku ofiarą epidemii dżumy padło około 10% populacji miasta. W tym czasie w Amsterdamie mieszkali i tworzyli pisarze, poeci i najsłynniejsza postać miasta – malarz Rembrandt. Od 1650 do 1850 roku powierzchnia miasta powiększyła się bardzo nieznacznie, jednak ludności przybywało. W wyniku wojen z Francją i Anglią miasto znacznie ucierpiało, zwłaszcza w czasie rewolucji francuskiej. Po odzyskaniu przez Niderlandy niepodległości Amsterdam zaczął ożywać. Po powstaniu belgijskim miasto miało monopol na handel z koloniami, a pozycja portu została jeszcze umocniona, dzięki wybudowaniu Kanału Północnoholenderskiego i Kanału Morza Północnego. Pod koniec XIX wieku Amsterdam przeżywał swój drugi złoty wiek.