Za zdjęcia do W ciemności odpowiadała Jolanta Dylewska. Obejrzawszy dotychczasowe filmy o Zagładzie Żydów oraz zapoznawszy się z dokumentacją topografii Lwowa, Dylewska zrozumiała, że „w filmie najciemniejsze muszą być właśnie sceny schodzenia do kanałów. Chciałam, by wraz z bohaterami zeszli tam widzowie filmu i doświadczyli wszechogarniającej ciemności oraz uczucia całkowitej bezradności”. Żeby zobrazować, jakim szokiem było dla lwowskich Żydów zejście do podziemi miasta, Dylewska wzięła pod uwagę zapisane w pamiętniku Ignacego Chigera spostrzeżenie, że „w tym nikłym świetle, dodatkowo zmiękczonym przez wilgoć kanałów, twarze wyglądają jak postaci z obrazów XVII-wiecznych malarzy. Poszłam tym tropem i zobaczyłam ludzi w kanałach takimi, jakimi namalowałby ich Rembrandt, Caravaggio czy Georges de La Tour”.
Zdjęcia do filmu rozpoczęły się 25 stycznia 2010 roku i trwały do 1 kwietnia. Film był kręcony na Starym Mieście w Piotrkowie Trybunalskim, w Łodzi (Księży Młyn oraz ulice Włókiennicza i Nowomiejska), w Warszawie, Twierdzy Modlin, Berlinie oraz Lipsku. Dofinansowanie filmu wsparły Polski Instytut Sztuki Filmowej, Deutsche Filmförderfonds, Filmförderungsanstalt, Hessen Invest, Medienboard Berlin-Brandenburg oraz Mitteldeutsche Medienförderung.
Muzyka