Latem 1573 roku udał się do Oldenburga, gdzie pracował przez kilka miesięcy, próbując wprowadzić luterański porządek kościelny, a następnie został przywołany z powrotem do Lipska, gdzie ponownie objął swe wcześniejsze funkcje.
Drugi pobyt w Lipsku był szczytowym okresem działalności teologicznej Selneckera. Podczas tworzenia Formuły zgody zajął pośrednią pozycję pomiędzy filipistami a gnezjoluteranami, choć zdecydowanie odcinał się od kryptokalwinizmu. Jego irenistyczna postawa była źródłem sporów z Jakobem Andreä, który żywił też osobistą urazę, gdyż został pozbawiony urzędu przez elektora saskiego. Jak długo elektor August żył, Selnecker aktywnie udzielał się w działalności teologicznej i duszpasterskiej, w tym w wizytacjach kościelnych. Gdy jednak tron objął Krystian I Wettyn, ponownie wpływy zdobyli kryptokalwiniści. W 1589 roku Selnecker został pozbawiony urzędu, ale jeszcze przez pewien czas mieszkał w Lipsku. Po kilku miesiącach uciekł jednak do Halle, a następnie do Magdeburga, po czym został superintendentem w Hildesheim.