8 maja 1945 r. samolot, za sterami którego siedział pilot doświadczalny Kitajima, wzbił się do swojego pierwszego lotu (niektóre źródła podają, iż miało to miejsce 5 maja). Krótki lot bez chowania podwozia musiał zakończył się przedwcześnie, gdyż niebezpiecznie zaczęła wzrastać temperatura oleju.
Silnik nadal sprawiał problemy, które doprowadziły do jego pożaru i zniszczenia podczas przeprowadzanych na ziemi testów instalacji układu chłodzenia. W celu wymiany jednostki napędowej maszyna została odesłana do wytwórni, w której kilka dni później została zniszczona w wyniku amerykańskiego bombardowania. Dalszy rozwój samolotu został wstrzymany, tym bardziej że sytuacja na froncie nie wymagała posiadania maszyny rozpoznawczej o tak dużym zasięgu.
Zdając sobie sprawę z realiów wojny, już pod koniec 1944 r. kierownictwo Kugisho zaproponowało zmianę przeznaczenia R2Y1 z samolotu rozpoznawczego na maszynę myśliwsko-bombową napędzaną silnikiem odrzutowym. Tak zmodyfikowana konstrukcja otrzymała oznaczenie Kugisho R2Y2 Keiun.