Poza działalnością polemiczną zajmował się także systematyzowaniem i komentowaniem teologii okresu wczesnej reformacji. Jego Loci theologici, ukończone przez Leysera w 1591 roku, stanowiło komentarz do Loci communes Melanchtona. Tam Chemnitz, nie krytykując otwarcie poglądów Melanchtona, interpretował je zgodnie z poglądami głównego nurtu luterańskiej teologii, próbując wypracować spójny system teologiczny i ukazać jego związki z życiem chrześcijańskim.
Chemnitz nie wniósł wiele nowych elementów do teologii luterańskiej, uczynił natomiast wiele dla jej usystematyzowania i umocnienia. Zajmował stanowisko pośrednie pomiędzy radykalnymi stronnictwami teologicznymi tych czasów. Chociaż był uczniem Melanchtona, jego poglądy zbliżały się raczej do czystego luteranizmu, dlatego filipiści uważali go za odstępcę. Był niechętny teologicznym nowinkom i radykalizmowi. W swej działalności teologicznej nie zajmował się spekulacjami, lecz pragnął raczej sformułować użyteczne i niekwestionowane prawdy.