Struktura molekularna Dany wzór chemiczny może reprezentować wiele izomerów. Każdy izomer odpowiada minimum na powierzchni energii (nazywanej też hiperpowierzchnią energii potencjalnej) – energii całkowitej cząsteczki jako funkcji współrzędnych wszystkich jąder tworzących tą cząsteczkę. Punkt stacjonarny jest taką geometrią, dla której pochodna energii po wszystkich przesunięciach jąder wynosi zero. Lokalne minimum (energetyczne) jest punktem stacjonarnym, z którego każde przesunięcie jąder powoduje wzrost energii cząsteczki. Minimum lokalne, które ma najniższą energię dla danej cząsteczki jest nazywane minimum globalnym i odpowiada najstabilniejszemu izomerowi. Jeśli istnieje dokładnie jedna konkretna współrzędna, której zmiana powoduje spadek energii całkowitej cząsteczki w dwóch kierunkach to taki punkt stacjonarny jest stanem przejściowym, a ta współrzędna nazywa się współrzędną reakcji. Proces poszukiwania punktów stacjonarnych nazywa się optymalizacją geometrii.