Po ukończeniu nauki pracował w szkole, do której sam uczęszczał. Jego apostolat wypełniała praca wychowawcza z młodzieżą w Quito (1896–1907), przygotowywanie dzieci do przyjęcia Pierwszej Komunii Świętej, a także prowadzenie działalności wydawniczej. W 1906 r. pełnił obowiązki przełożonego domu. Jego znajomość hiszpańskiego przyczyniła się do uznania, jakim się cieszył w kręgach akademickich i późniejszego zaangażowania w Europie. Od 1892 r. jako członek akademii lingwistycznej Ekwadoru był też członkiem korespondentem hiszpańskiej Królewskiej Akademii, a w 1900 r. został członkiem Académie française, sześć lat później członkiem korespondentem Akademii Wenezueli.
W 1904 r. we Francji doszło do konfiskaty mienia Zgromadzenia Braci Szkół Chrześcijańskich, będącej wynikiem polityki prowadzonej przez tamtejszy rząd. Sytuacja zgromadzenia wymagała podjęcia działań, do których skierowano w 1907 br. Michała Febresa Cordero y Muñoza. Pracował w belgijskim Lembecq (pod Brukselą) jako redaktor czasopisma, a później ze względów zdrowotnych przeniesiony został do nowicjatu w Premià de Mar. W tym ostatnim miejscu zastały go antyklerykalne wystąpienia 1909 roku. Uciekając przed prześladowcami, niósł konsekrowane hostie.