Dzięki jej koneksjom po ukończeniu szkoły w 1854 roku został zaprotegowany przez admirała Williama Parkera do służby w Royal Navy.
Także dwaj spośród młodszych braci Johna Fishera wstąpili do marynarki wojennej: Frederic William Fisher doszedł do rangi admiralskiej, zaś najmłodszy Philip był porucznikiem na fregacie „Atalanta” i zginął z całą załogą podczas jej fatalnego rejsu na Atlantyku w lutym 1880 roku.
Pierwsze lata służby W wieku 13 lat John Fisher rozpoczął jako kadet pierwsze szkolenie morskie na stacjonującym w Portsmouth dawnym okręcie flagowym Nelsona, liniowcu „Victory”. Przed przyjęciem do Royal Navy przeszedł zwyczajny w tych czasach egzamin: musiał przeczytać tekst Modlitwy Pańskiej, wypić jednym haustem szklanicę sherry oraz przeskoczyć nago przez krzesło. To wystarczało do oceny zalet fizycznych i umysłowych przyszłego oficera. W lutym następnego roku wypłynął w morze w składzie załogi 84-działowego żaglowego okrętu liniowego „Calcutta”, który brał udział w operacjach Royal Navy na Bałtyku podczas wojny krymskiej, między innymi blokadzie Zatoki Fińskiej.