Wtedy został oficerem artyleryjskim na „Warriorze”, pierwszym brytyjskim okręcie pancernym, najpotężniejszej jednostce wojennej ówczesnego świata.
thumb|left|Frances Katharine Josepha Fisher W tym czasie John Fisher poznał i 4 sierpnia 1866 roku poślubił Frances Delves-Broughton. Mieli czworo dzieci: syna Cecila oraz trzy córki: Beatrix Alice, Dorothy Sybil oraz Pamelę Mary. Latem tego samego roku kapitan Fisher powrócił na „Excellent”, gdzie między innymi zajmował się badaniami nad właśnie wprowadzaną na uzbrojenie bronią torpedową. W czerwcu 1869 roku został zaproszony do Niemiec na uroczystość otwarcia nowej bazy morskiej w Wilhelmshaven, gdzie spotkał się między innymi z królem Prus i późniejszym cesarzem Wilhelmem I oraz kanclerzem Otto von Bismarckiem. W tym samym roku awansował do stopnia komandora porucznika (Commander) i został przeniesiony jako zastępca dowódcy na okręt liniowy „Donegal” a w maju 1870 roku w tej samej funkcji na opancerzoną fregatę „Ocean”, wysyłaną na Daleki Wschód jako okręt flagowy China Station.