Southampton 22 września 2012 na zasadzie wolnego transferu przeszedł do angielskiego Southampton F.C., podpisując kontrakt obowiązujący do 30 czerwca 2013. Jego debiut w drużynie nastąpił 20 października 2012 w przegranym meczu ligowym z West Hamem United. W marcu 2013 podczas meczu ligowego z Norwich City, Boruc obronił rzut karny w 93. minucie meczu, dzięki czemu Southampton zremisowało 0-0. W meczu 31. kolejki Premier League, Southampton pokonało na St Mary’s Stadium, 2:1 drużynę londyńskiej Chelsea. W pierwszym składzie „Świętych” wyszedł Artur Boruc. Reprezentant Polski doznał jednak zawrotów głowy i w przerwie został zmieniony. 18 kwietnia 2013 „Holy Goalie” przedłużył kontrakt ze „Świętymi” do 2015. 2 listopada 2013 w meczu ze Stoke, bramkę strzelił mu bramkarz przeciwników Asmir Begović, a bramka ta została uznana jako gol po strzale z największej odległości i trafiła do księgi rekordów Guinnessa. W przerwie pomiędzy sezonem 2013/14 a 2014/15 pomimo dobrej formy stracił swoje miejsce w pierwszym składzie na rzecz ściągniętego z Celticu, Frasera Forstera.
Bournemouth mały|upright|Boruc w barwach Bournemouth (2014)