Następnie Busta Rhymes przyłączył się do Flipmode Squad wraz z raperami Rampage, Lord Have Mercy, Spliff Star, Rah Digga i Baby Sham nagrali album E.L.E. (Extinction Level Event): The Final World Front. W styczniu 1999 singiel z tej płyty zatytułowany „Gimme Some More” osiągnął 5. miejsce na brytyjskiej liście singli. W kwietniu tego samego roku, wraz z Janet Jackson nagrał utwór pod tytułem „What’s It Gonna Be?!”.
W tym czasie Busta Rhymes zainteresował się filmem i spróbował swoich sił jako aktor. Wystąpił w kilku produkcjach, w tym w dramacie kryminalnym Johna Singletona Studenci (1995) i dramacie Gusa Van Santa Szukając siebie (2000). W 2000 wydał kolejną płytę, zatytułowaną Anarchy. Po jej wydaniu postanowił zakończyć współpracę z wytwórnią Elektra Records, jego dotychczasową wytwórnią fonograficzną. W 2001 podpisał kontrakt z inną wytwórnią – J Records. W tym samym roku wydał album pt. Genesis, która okazała się ogromnym sukcesem. Rhymes po kilku cichych miesiącach znów wrócił na listy przebojów z takimi hitami jak „Break Ya Neck” i „Pass the Courvoisier”, współtworzone przez Dr. Dre i The Neptunes. W 2002 wydał płytę zatytułowaną It Ain’t Safe No More.