Zaślubiny z królem Henrykiem VIII zostały uświetnione spaleniem trzech protestanckich heretyków w pobliskim Wielkim Parku i uważnie obserwowano, czy nowa królowa nie wykazuje śladów współczucia. W połowie lat 40. zaczęto podejrzewać, że jest stronniczką Reformacji. O tym, że była, świadczą wątki w jej drugiej i ostatniej książce wydanej już po śmierci Henryka VIII w 1547 „Lamentacje grzesznika” (Lamentacions of a synner) gdzie znajduje się m.in. teza o zbawieniu wyłącznie przez samą wiarę, co Kościół katolicki uważał za herezję. Mało prawdopodobne, by takie poglądy pojawiły się w krótkim czasie pomiędzy śmiercią Henryka VIII a publikacją książki. Znacząca też jest jej bliska znajomość z Anną Askew – wpływową stronniczką Reformacji, która publicznie przeciwstawiała się katolickiemu dogmatowi o transsubstancjacji i została z tego powodu zamordowana przez katolików za herezję, a później uznana za męczenniczkę Reformacji. W 1546 biskup Winchester i Lord Wriothesley usiłowali skonfliktować z nią króla. Wydany został nakaz aresztowania, jednakże w przeddzień dowiedziała się o nim i udało się jej ukorzyć i zyskać łaskę króla przez zapewnienie, że dyskutowała o religii tylko po to, by zająć czymś jego umysł i oderwać uwagę od problemów zdrowotnych. Następnego dnia uzbrojeni strażnicy, którzy nieświadomi zmiany sytuacji usiłowali dokonać aresztowania, narazili się na gniew króla.