Ks. Krzysztof Maggallanes kontynuował celebracje po kryjomu na terenie parafii. Aresztowany 21 maja 1927 r. gdy jechał do jednej z kaplic. W okolicy wybuchła strzelanina pomiędzy Cristeros i siłami federalnymi dowodzonymi przez generała Francisco Goñi. Został aresztowany i przewieziony do Totalice, a następnie do centrum gminnego w Momax, w stanie Zacatecas. Tego samego dnia aresztowano także rektora tajnego seminarium Totatiche, księdza Agustína Calocę. Oskarżony o współpracę z powstaniem, proboszcz przedstawił opublikowany przez siebie wcześniej artykuł, w którym nawoływał swoich parafian do zachowania spokoju: „Religii nie szerzy sie i nie należy jej strzec za pomocą broni. Ani Jezus Chrystus, ani Apostołowie, ani Kościół nie używali w tym celu przemocy. Bronią Kościoła jest przekonywanie i perswazja za pomocą słowa”.
Został rozstrzelany rankiem 25 maja bez formalnego wyroku sądu na dziedzińcu urzędu gminnego Momax, za sprawowanie funkcji kapłańskich. Przed egzekucją do księdza Augustyna Caloca skierował słowa pociechy: Dwaj księża udzielili sobie rozgrzeszenia sakramentalnego. Oczekując na egzekucję ksiądz Magallanes rozdzielił to, co miał wśród żołnierzy plutonu dowodzonego przez porucznika Enrique Medinę. Skierował też do obecnych słowa: