Diecezja podlegała pod metropolię gnieźnieńską. Funkcję katedry pierwotnie pełnił kościół pw. św. Wita na zamkowym podgrodziu. Kościół pierwotnie był budowlą drewnianą. Powstał on z fundacji książęcej i przez kolejne lata należał do patronatu monarszego. Za czasów Mieszka II, około 1027 roku na tym miejscu powstał nowy, kamienny kościół również niosący tytuł św. Wita. Ze względu na wojnę domową i zburzenie Kruszwicy przez Władysława Hermana w 1096 roku, katedrę przeniesiono do poklasztornego kościoła pw. św. Piotra na Zagoplu.
Diecezja kruszwicka przez wieki była uważana za kolebkę obecnej diecezji włocławskiej. Przypuszczano, iż po zniszczeniu Kruszwicy w 1096 roku biskup przeniósł się do Włocławka, który z czasem rozwinął się jako osobna stolica biskupia. Coraz częściej historycy opowiadają się za funkcjonowaniem zarazem Kruszwicy i Włocławka (obie te stolice wymienia wspomniana wyżej bulla). Jednym z celów tych biskupstw była działalność ewangelizacyjna. Kruszwica oprócz Kujaw miała obejmować opieką duszpasterską Pomorze Gdańskie, a Włocławek obejmujący ziemię dobrzyńską i ziemię chełmińską, miał prowadzić działalność misyjną wśród plemion pruskich.