Nadawane kolejne przywileje gospodarcze i prawne spowodowały, że miasto stało się poważnym importerem soli i wina z Węgier i Nadrenii. W 1497 roku na rynku w Nysie został ścięty przedostatni książę opolski – Mikołaj II.
XVI–XX wiek mały|Widok na miasto w 1738 roku mały|lewo|Dwór biskupi, w sąsiedztwie dawny zamek biskupów wrocławskich, obecnie Muzeum w Nysie, rys. (F. B. Wernher – XVIII w.) mały|Rynek (XIX wiek) W XVI wieku do Nysy jako swojej głównej rezydencji przenieśli się biskupi wrocławscy. Decyzja ta spowodowana została silnym rozwojem reformacji na Dolnym Śląsku. Z inicjatywy biskupiej Nysa otrzymała liczne przywileje. Rozpoczął się okres wielkiego rozwoju gospodarczego miasta. Pod wpływem obecności i działania biskupów Nysa otrzymała tytuł Śląskiego Rzymu, głównie za sprawą licznych budowli sakralnych miasta oraz fontanny Trytona z 1701 roku, wzorowanej na rzymskiej Fontana del Tritone z 1612–1613 roku, stojącej na Placu Barberini – Piazza Barberini autorstwa Gian Lorenzo Berniniego. Kilkadziesiąt lat przed Wrocławiem, w 1624, miasto otrzymało kolegium jezuickie Carolinum. Ukończył je przyszły król Polski Michał Korybut Wiśniowiecki.