Tuż przed przełomem 1989 związała się z nieformalnym stowarzyszeniem opozycyjnym „Reforma i Demokracja”.

Od lat 90. W latach 90. została członkinią Stowarzyszenia na Rzecz Humanizmu i Etyki Niezależnej, należała też przez pewien czas do Solidarności Pracy i Unii Pracy. W 1989 uzyskała członkostwo w Stowarzyszeniu Pisarzy Polskich, a w 1991 w Polskim PEN Clubie. W 1994 otrzymała tytuł doktora honoris causa Uniwersytetu Gdańskiego. W latach 1997–2004 uczestniczyła w pracach jury Nagrody Literackiej Nike, w latach 2000–2004 była jego przewodniczącą. Od 1992 do 2010 kontynuowała otwarte dla wszystkich seminaria, tym razem pod auspicjami Szkoły Nauk Społecznych przy Instytucie Socjologii i Filozofii PAN. Chociaż z regularnych wykładów zrezygnowała, nadal współpracowała z SNS. W 1996, na swoje 70. urodziny, otrzymała od uczniów tom Romantyzm. Janion. Fantazmaty pod redakcją Doroty Siwickiej i Marka Bieńczyka. W 2006 zarówno w Warszawie, jak i Krakowie przyjaciele oraz dawni i obecni uczniowie urządzili uroczyste obchody 80. urodzin Marii Janion.