Struktura Komitet Wyższych Urzędników (CSO) Członkami Rady jest jedenaście państw regionu Morza Bałtyckiego, a także Komisja Europejska. Rada składa się z ministrów spraw zagranicznych każdego państwa członkowskiego oraz członka Komisji Europejskiej. Przewodnictwo Rady obejmowane jest corocznie przez inne państwo członkowskie. Rada ma służyć jako forum do wytycznych i ogólnej koordynacji pomiędzy uczestniczącymi państwami. Minister spraw zagranicznych kraju przewodniczącego jest odpowiedzialny za koordynację działań Rady.
Co roku odbywają się spotkania na wysokim szczeblu – naprzemiennie spotykają się bądź ministrowie spraw zagranicznych oraz przedstawiciel Komisji Europejskiej UE (tzw. Sesje Ministerialne RPMB), bądź też szefowie rządów państw członkowskich oraz przewodniczący Komisji Europejskiej UE (tzw. Szczyty Państw Morza Bałtyckiego). Bieżącymi pracami organizacji kieruje Komitet Wyższych Urzędników, złożony z wyższych rangą pracowników ministerstw spraw zagranicznych państw członkowskich, zbierający się kilka razy w roku.