W latach 1998–2002 był nim Jacek Starościak, od 2020 do 2024 roku funkcję tę pełnił Grzegorz Poznański.
Mandat Sekretariatu jest następujący: zapewnienie wsparcia technicznego i organizacyjnego Przewodniczącemu Rady oraz strukturom i organom roboczym Rady; zapewnienie ciągłości i lepszej koordynacji działań Rady; wdrażanie strategii informacyjno-komunikacyjnej Rady; utrzymywanie archiwów i bazy danych Rady; utrzymywanie kontaktów z innymi organizacjami działającymi w regionie Morza Bałtyckiego i wokół niego, władzami państw członkowskich i mediami.
Priorytety Długoterminowe Tożsamość Regionalna Cel: Promowanie tożsamości regionu Morza Bałtyckiego i intensyfikacja kontaktów wspierających jego dalszy rozwój.
Założenia: Opracowanie koncepcji tożsamości regionu Morza Bałtyckiego w celu wzmocnienia poczucia przynależności do regionu Morza Bałtyckiego poprzez zaangażowanie, uczestnictwo i wielopoziomowe sprawowanie rządów oraz stworzenie pojęcia jedności regionalnej ponad granicami poprzez rozwijanie dialogu i kontaktów międzyludzkich oraz sieci i instytucji makroregionalnych.