Podstawowym gatunkiem lasotwórczym jest sosna. Występuje na wszystkich rodzajach siedlisk. W siedliskach lasu mieszanego jako gatunek panujący lub współpanujący występuje dąb, a na siedlisku boru mieszanego stanowi domieszkę w pierwszym i drugim piętrze drzewostanu.
Na wszystkich rodzajach siedlisk występuje brzoza. Jednak tylko we wschodniej części omawianego kompleksu stanowi gatunek panujący, w pozostałych jest jedynie domieszką.
Na terenie Gołoborzu występuje wiele innych gatunków drzew stanowiących pojedynczą lub grupową domieszkę: osika, która jest spotykana na różnych siedliskach; lipa i grab są charakterystyczne dla środowisk grądowych; modrzew, który został sztucznie wprowadzony do drzewostanu na siedlisku lasu mieszanego, a jednak dobrze się tam aklimatyzuje; olsza spotykana miejscami w wilgotnych obniżeniach na obrzeżach drzewostanów.
Warstwa krzewów jest w różnym stopniu rozwinięta i zróżnicowana gatunkowo – w zależności od żyzności i wilgotności siedlisk.