Tworzące to runo rośliny zakwitają przed rozwojem liści w drzewostanie, a z reguły przed rozwojem własnych liści.
Siedliska borowe charakteryzują się dużym udziałem krzewinek (borówki czernicy, borówki brusznicy, borówki bagiennej, wrzosu).
Na terenie omawianego kompleksu leśnego swoje stanowisko ma wiele roślin chronionych i rzadkich. Z roślin będących pod całkowitą ochroną występują: wawrzynek wilczełyko, pluskwica europejska, rosiczka okrągłolistna, lilia złotogłów.
Z roślin będących pod ochroną częściową należy wymienić: kruszynę pospolitą, mącznicę lekarską, kalinę koralową, paprotkę zwyczajną oraz konwalię majową.
Ogromna liczba gatunków występujących na terenie Gołoborza ma właściwości lecznicze. Są to m.in. babka lancetowata, bez czarny, borówka brusznica, borówka czernica, jałowiec pospolity, lipa drobnolistna, mącznica lekarska czy mniszek pospolity.
Prowadzone w latach 90. badania florystyczne (Borkowska 1995) wskazują na daleko idące zmiany we florze rezerwatu.