Po odbudowie w 2002 roku suwnica Stoczni Gdynia stała się ponownie największą w Europie suwnicą bramowąNowa suwnica w Stoczni Gdynia, Towarzystwo Okrętowców Polskich KORAB, 15.02.2002 [dostęp: 31.01.2015].
W 2003 roku Stocznia Gdynia zajęła pierwsze miejsce w Europie i piętnaste w świecie w kategorii wielkości produkcji (wyrażonej w CGT – compensated gross tonnage)Historia – Stocznia w chwili obecnej, Stocznia.gdynia.pl.
28 marca 2003 roku, po odwołaniu Janusza Szlanty, prezesem Stoczni Gdynia S.A. został Włodzimierz Ziółkowski, następnie, 24 lutego 2006 roku, Kazimierz Smoliński.
6 listopada 2008 Komisja Europejska wydała decyzję w sprawie stoczni w Gdyni i Szczecinie, uznając udzieloną im przez polski rząd pomoc publiczną za nielegalną. Zgodnie z planem uzgodnionym z Komisją, podzielony na części majątek stoczni Gdynia i Szczecin miał zostać sprzedany w przetargach, a załoga – zwolnionaKroes: ws. stoczni w Gdyni nie mogło być innej decyzji, Gazeta.pl.
Likwidacja Stoczni Gdynia Od marca 2009, zgodnie z przyjętą w Sejmie tzw. specustawą stoczniowąUstawa z dnia 19 grudnia 2008 r.