Kariera reprezentacyjna Lindegaard reprezentował Danię na szczeblach młodzieżowych U-19 i U-20, obecnie zaś występuje w kadrze A. W kadrze do lat 19 zadebiutował 5 września 2002 roku w przegranym 1:2 spotkaniu towarzyskim z reprezentacją Irlandii. W kadrze do lat 20 zadebiutował 19 lipca 2003 roku w wygranym 2:0 spotkaniu z reprezentacją Walii. 7 września 2010 roku Lindegaard zadebiutował w kadrze A. Stało się to w wygranym 1:0 meczu z reprezentacją Islandii rozegranym w ramach eliminacji do Mistrzostw Europy 2012.
Reprezentacyjne # Data Zespół Miejsce Przeciwnik Rezultat Rozgrywki 1. 5 września 2002 U-19 Roskilde, Dania 1:2 Towarzyski 2. 13 października 2002 U-19 Berno, Szwajcaria 1:0 eliminacje do Mistrzostw Europy do lat 19 2003 3. 19 lipca 2003 U-20 Ballymoney, Irlandia Północna 2:0 Milk Cup 2003 4. 23 lipca 2003 U-20 Limavady, Irlandia Północna 1:0 Milk Cup 2003 5. 23 września 2003 U-20 Borodzianka, Ukraina 0:1 Towarzyski 6. 25 września 2003 U-20 Kijów, Ukraina 0:0 Towarzyski 7. 7 września 2010 A Kopenhaga, Dania 1:0 Eliminacje do Mistrzostw Europy 2012 8. 8 października 2010 A Porto, Portugalia 1:3 Eliminacje do Mistrzostw Europy 2012 9. 12 października 2010 A Kopenhaga, Dania 2:0 Eliminacje do Mistrzostw Europy 2012 10.