Prace przebiegały w latach 1946–1958, podczas których zrekonstruowano kościół do pierwotnej postaci, zbudowano stromy dach kryty dachówką i kamienną sygnaturkę w miejsce zniszczonej barokowej.
Architektura i wyposażenie left|thumb|Matka Boża Stopnicka Zabytek jest budowlą dwunawową, halową, o nawach poprzedzielanych dwoma filarami. Kościoły o podobnej bryle i analogicznym rozplanowaniu wnętrza możemy dziś oglądać w Wiślicy, Szydłowie i Szańcu. Na zewnątrz kościół jest oskarpowany. Posiada 8 ostrołukowych okien, z tego 5 w prezbiterium i 3 w nawie północnej. Na dwóch filarach wspiera się sklepienie krzyżowo-żebrowe, na którym umieszczone są zworniki ocalałe ze zniszczeń wojennych. Na sklepieniu prezbiterium jest zwornik przedstawiający głowę Kazimierza Wielkiego. Na zwornikach sklepień nad nawami widnieją herby województw polskich z czasów tego króla.
Z dawnego wystroju wnętrza niewiele pozostało po zawierusze wojennej. Cennym zabytkiem pamiętającym XIV stulecie jest płaskorzeźba w głównym ołtarzu (antepedium), przedstawiająca głowę Kazimierza Wielkiego i herb Ziemi Dobrzyńskiej. Na północnej ścianie prezbiterium, nad wejściem do zakrystii wisi nowy krucyfiks ze starą rzeźbą Jezusa Ukrzyżowanego.