Kamienne rzeźby w ołtarzu głównym (święci Piotr i Paweł) i dwóch bocznych (Serca Pana Jezusa i św. Józef) oraz stacje Drogi Krzyżowej wykonał artysta rzeźbiarz z Krakowa Józef Zięba w 1 połowie lat 80. XX wieku. Osiem witraży w ostrołukowych oknach jest dziełem Macieja Makarewicza z Krakowa. Zarówno kamienne rzeźby, jak i witraże nie harmonizują z zabytkową, gotycką architekturą fary. Dwie kaplice boczne są przybudowane do południowej ściany kościoła i wejścia do nich prowadzą z tejże nawy. Szczególnie okazała się manierystyczna Kaplica Hinkowska zwieńczona kopułą z latarnią, zbudowana w 1645 roku z fundacji Adama Hinka herbu Topór „na chwałę Bożej Rodzicielki Najświętszej Panny Maryi”, z przeznaczeniem na grobowce dla członków rodu, które znajdowały się w krypcie pod kaplicą. W rokokowym ołtarzu pochodzącym z klasztoru ss. Benedyktynek w Staniątkach k. Krakowa, znajduje się malowany na desce późnorenesansowy obraz Matki Boskiej Stopnickiej z 1645 roku, największa świętość stopnickiej fary, otoczony religijną czcią przez ludność parafii. Również z nawy południowej, lecz bliżej chóru jest wejście do malutkiej kaplicy św. Anny. Pochodzi ona z XV w. i nosi cechy późnego gotyku. Zbudowana została w miejscu pierwotnej z 1326 r. W nowym ołtarzyku znajduje się późnobarokowy obraz namalowany na płótnie, a przedstawiający św.