Na miejscu Josef Korbel został szefem departamentu informacji czechosłowackiego rządu emigracyjnego w Londynie. W 1941 roku Korbelowie dokonali konwersji z judaizmu na katolicyzm.

Po II wojnie światowej Korbelowie wrócili do reaktywowanej Czechosłowacji, gdzie we wrześniu 1945 roku Josef Korbel objął funkcję ambasadora w Belgradzie. Po przejęciu władzy w Czechosłowacji przez komunistów w 1948 roku, Korbel był zagrożony z powodu swoich powiązań z obozem demokratycznym. Przyjął wówczas zaproponowane mu przez nowego ministra spraw zagranicznych Vladimíra Clementisa stanowisko przedstawiciela Czechosłowacji w komisji demarkacyjnej ONZ ds. spornego indyjskiego terytorium Kaszmir, co było dla niego okazją do ucieczki z kraju. Pod koniec 1948 roku Korbelowie wyjechali do Stanów Zjednoczonych, gdzie złożyli wniosek o azyl polityczny. Josef Korbel w USA został profesorem stosunków międzynarodowych na Uniwersytecie w Denver, kontynuował także pracę na rzecz ONZ.