Madeleine Albright wykorzystywała ponadto swoją funkcję do wywierania wpływu na politykę zagraniczną administracji Billa Clintona. Dotyczyło to przede wszystkim wojny w Bośni i Hercegowinie, w sprawie której Albright była zdecydowanym orędownikiem wykorzystania sił powietrznych w celu powstrzymania serbskiej agresji. Odegrała ważną rolę w skłonieniu prezydenta do przyjęcia twardszego stanowiska wobec Serbów, co ostatecznie doprowadziło do zawarcia porozumienia pokojowego w Dayton.
Pełniąc funkcję amerykańskiego ambasadora przy Organizacji Narodów Zjednoczonych, Albright została skrytykowana za opinię, jaką wyraziła w czasie wywiadu 12 maja 1996 roku dla programu telewizyjnego 60 Minut. Tematem rozmów były amerykańskie sankcje nałożone na Irak. Prezenter Lesley Stahl zadał pytanie:
Albright odpowiedziała:
Sekretarz stanu Stanów Zjednoczonych 23 stycznia 1997 roku została sekretarzem stanu. Podczas swojej kadencji na tym stanowisku Albright wzmacniała sojusze amerykańskie i wpływała na decyzje dotyczące polityki zagranicznej, zwłaszcza na Bliskim Wschodzie i na Bałkanach.