Sezon 2012/13 Thirapongpaiboon przeszedł przez trzy mecze kwalifikacyjne, zanim przegrał w rundzie finałowej zarówno w Australian Goldfields Open, jak i Shanghai Masters, ulegając odpowiednio Liang Wenbo i w ostatniej decydującej partii Jamiemu Cope. To był jego ostatni występ w głównej fazie turnieju rankingowego. Miał bardzo dobry sezon w turniejach Players Tour Championship, docierając do ćwierćfinałów w i szóstym turnieju European Tour. W piątym turnieju pokonał rodaka Thepchaiyę Un-Nooha, Liu Chuanga i gracza z czołowej szesnastki Barry'ego Hawkinsa, zanim przegrał 3–4 z Anthonym McGillem, a w szóstym turnieju pokonał takich graczy jak Fergal O'Brien, Ricky Walden i Liang Wenbo, zanim został pokonany 0–4 przez Marka Selby'ego. Dotarł także do 1/8 finału innego turnieju, zajmując 38. miejsce w rankingu PTC Order of Merit. Thirapongpaiboon pokonał Jamiego O'Neilla 10–8 i Mike'a Dunna 10–6 w kwalifikacjach do Mistrzostw Świata, ale jego sezon zakończył się w kolejnej rundzie, kiedy przegrał 8–10 z Matthew Seltem. Sezon zakończył na 71. miejscu w światowym rankingu.