25 marca 1992 został prekonizowany biskupem diecezjalnym nowo utworzonej, na mocy bulli Totus Tuus Poloniae populus, diecezji zamojsko-lubaczowskiej. Ingres do katedry Zmartwychwstania Pańskiego i św. Tomasza Apostoła w Zamościu odbył 19 kwietnia 1992. Jako ordynariusz zamojsko-lubaczowski zorganizował strukturę administracyjną i duszpasterską diecezji. Utworzył Studium Życia Rodzinnego i Kolegium Teologiczne w Zamościu. Był przewodniczącym Diecezjalnej Rady Ekonomicznej. W 1999 gościł w Zamościu papieża Jana Pawła II. 5 sierpnia 2006 papież Benedykt XVI przyjął jego rezygnację z obowiązków biskupa diecezjalnego diecezji zamojsko-lubaczowskiej.
W ramach prac Episkopatu Polski został przewodniczącym Komisji ds. Sztuki Kościelnej oraz Rady ds. Kultury i Ochrony Dziedzictwa Kulturalnego. Ponadto objął funkcję delegata do Forum „Polska-Niemcy” i wszedł w skład Komisji ds. KUL. W 1995 Jan Paweł II mianował go konsultorem, a 21 maja 1997 członkiem Papieskiej Komisji ds. Dóbr Kulturalnych Kościoła. Był współkonsekratorem podczas sakr biskupów zamojsko-lubaczowskich: pomocniczego – Mariusza Leszczyńskiego (1998) oraz diecezjalnego – Wacława Depy (2006).