W zamian za wspomniany zapis proboszczowie mieli odprawiać raz w roku msze w intencji Najświętszej Marii Panny, a ciała fundatorów spocząć miały w kościele lub na cmentarzu przykościelnym.
Rok później mieszczanie gostyńscy przeznaczyli aż 100 grzywien na ufundowanie ołtarza św. Katarzyny. Potwierdził to biskup poznański Andrzej, nadając miastu patronat nad tym ołtarzem. Skoro erygowano ołtarz św. Katarzyny, musiała już istnieć prawdopodobnie nawa główna i nawy boczne. W 1523 roku dobudowano do fary przedsionek – kruchtę oraz dwa skarbce. Czas powstania znany jest dzięki dacie umieszczonej nad okienkiem z lewej strony wejścia. Ponad sto lat później dobudowano kaplicę św. Anny.
Dalszy rozwój miasta Gostyń od założenia był miastem prywatnym. W XIV wieku stał się częścią majątku Wezenborgów (Wizenburgów), a później rodziny Borek-Gostyńskich. Okres XV–XVII w. to szybki rozwój miasta. Sprzyjało temu dogodne położenie na uczęszczanym szlaku handlowym Poznań – Wrocław.
Rozwój gospodarczy miasta wiązał się ze wzrostem poziomu kształcenia – wielu mieszkańców grodu nad Kanią kształciło się na Akademii Krakowskiej.