Przygotowane zostały również inwestycje modernizacji Małego Rynku i placu Wszystkich Świętych.

Nie udało się zrealizować w tej kadencji planów budowy Krakowskiego Szybkiego Tramwaju oraz parkingów podziemnych na terenie Starego Miasta. Przeciwnicy zarzucają także przygotowanie podziemi pod płytą Rynku Głównego dla ruchu turystycznego oraz wydanie decyzji o warunkach zabudowy fortu świętego Benedykta, którego sprawa trwa od 1998.

Druga kadencja (2006–2010) 26 listopada 2006 w drugiej turze wyborów na prezydenta Krakowa, Jacek Majchrowski, popierany przez środowiska lewicowe oraz kandydata Platformy Obywatelskiej Tomasza Szczypińskiego, pokonał kandydata Prawa i Sprawiedliwości Ryszarda Terleckiego stosunkiem głosów 59,57% do 40,43% przy frekwencji 38,84%.

Podczas drugiej kadencji udało się dokończyć większość z inwestycji zaplanowanych wcześniej. W centrum miasta zmodernizowano Mały Rynek i plac Wszystkich Świętych. Odnowiono płytę Rynku Głównego, pod którą wybudowano i otwarto nowoczesny oddział Muzeum Historycznego Miasta Krakowa. Ukończono także remont znajdującej się na terenie Śródmieścia ulicy Długiej, a w okolicach Wawelu otwarto parking podziemny pod zmodernizowanym placem na Groblach.