W 1920 powstał Zakład Historii i Filozofii Medycyny, kierowany przez prof. Władysława Szumowskiego, który zajął się systematyzacja i wyeksponowaniem znacznych już zbiorów. Przekształcony w Katedrę, nie miał jednak stałej siedziby, a uzyskane w 1937 dla Katedry i Muzeum pomieszczenia na ul. M. Kopernika 7, nie nadawały się do urządzenia wystawy. Zabezpieczone tam zbiory przetrwały okupację w stanie nienaruszonym. W latach 1951–56 Katedrę przekształcono w Zakład Organizacji Ochrony Zdrowia, co uchroniło zbiory, w okresie gdy wszystkie katedry historii medycyny były zlikwidowane. Odtworzenie Katedry nie rozwiązało problemu lokalowego – dopiero w 1990 przekazano na potrzeby Muzeum pomieszczenia w Domu Towarzystwa Lekarskiego przy ul. Radziwiłłowskiej 4. Nową siedzibę oficjalnie otworzył 16 czerwca 1992 ówczesny rektor CM UJ prof. Andrzej Szczeklik.
Zbiory muzeum obejmują m.in. starodruki, dokumenty, rękopisy, medale pamiątkowe, narzędzia lekarskie i portrety. Ważną częścią kolekcji jest duży zestaw instrumentów chirurgicznych i zespół odlewów gipsowych z gabinetu anatomopatologicznego prof. Bierkowskiego oraz zbiór historii chorób kliniki prof.